牛、羊糞中不僅含有豐富的營養成分，也含有部分有害物質。未經處理的牛糞中含有馬尿酸等物質，馬尿酸對植物的根系有害，未經發酵腐熟的肥料投入到農業中，將消耗作物根際土壤中的氧和燒傷作物根系。

有機肥發酵腐熟基本指標：
1、 松散度  生物發酵法從發酵的第四天開始松散，呈碎末狀。
2、 氣味  生物發酵法從第2天開始臭味減輕，第4天基本消失，第5天完全消失，第7天散發泥土的清香。
3、 溫度  生物發酵法第2天達到高溫階段，到7天開始回落。保持較長時間的高溫階段，發酵腐熟徹底。
4、 PH值  生物發酵法PH值達到6.5。
5、 含水率  發酵原料初始含水率55%，生物發酵法含水率可降到30%。
6、 铵態氮（NH4+-N）  發酵開始時，铵態氮的含量迅速增加，在第4天時達到最高量，這是因為氨化作用以及有機氮的礦化作用引起的，隨後堆肥中的铵態氮由於揮發損失及轉化成為硝態氮而逐漸減少。當铵態氮小於400mg/kg達到腐熟標誌。生物發酵法铵態氮含量可降低到215mg/kg左右。
7、 碳氮比  堆肥碳氮C/N比達到20以下，就達到腐熟指標。
8、 大腸桿菌數和蛔蟲卵死亡率。
    糞大腸菌群數≤ 100個/克（mL）
    蛔蟲卵死亡率≥ 95%
9、 種子發芽率  生物法發酵法發酵的牛、羊糞發芽率達到80%以上。